stereo-image, любая программа, кодирующая в мп3, использует кодек lame. Он же может работать даже в режиме командной строки без какой либо программы, ему на вход нужны файлы и определенные параметры кодирования в виде "ключей" (или как их там, типа команд с указанием битрейта, режима стерео и т.д).
То есть насколько я понимаю, программа тупо обращается к этому кодеку и дает ему исходные данные (которые в некоторых программах можно посмотреть и изменить при желании). В этом деле чаще парятся над версией этого lame, говорят, они по-разному звучат.
... и добавил:
п.с. использую foobar, если надо перевести wav в mp3