Это происходит когда вообще струн никак не касаешься что ли?
По периодичности этих кликов похоже на проникание метронома в директ-сигнал, не был включён на время записи, случаем? Вообще, если близко сидеть к колонкам, то может быть и микрофонный эффект, когда датчики звук ловят, но я с таким не сталкивался, хотя тоже актив использовал. Так что может быть взаимопроникновение входа и выхода, кажется у некоторых кодеков в интерфейсах подобное иногда можно заметить.
А что если просто голый шум со входа карты записать (примерно такой же длины, т.е. 10 с)?
(только скидывай как записано, в вавке, из папки проекта, а не экспортом в mp3).