Не думаю, что "ватермарки" внедряют в тело данных. За это можно и иск в суд получить от того, кто купил программу законно. Ведь на выходе получается файл с примесью. Лежит ли эта примесь в области ультразвука или инфразвука - не важно. Полагаю, что метки пишутся в служебную область контейнера. Если формат мп3 позволяет в файл запихать даже обложку диска, то уж... пару байт в заголовок wav чоб не пихнуть. Если это так, до достаточно результат перезаписать в какой-либо легальной проге, которая перепишет хидер.