С фазами надо больше париться когда снимается одно и то же разными микрофонами, с разных кабов и усилков или реампится. А при кваде и должно несколько разъезжаться или эффекта не будет.
Выравнивать разные дубли бесполезно, если только нет какого-то постоянного сдвига при записи, потому что можно выровнять по первой ноте, но дальше будет смещено, таймкоррекцию к сигналу с микрофона применять неэффективно - не видно нормально начало нот, другое дело корректировать диайники и потом реампить.