Если говорить про дж-дж-дж, то имхо, строй удобнее всего определять по самой низкой ноте(достаточно сложно перепутать октавы, когда речь идет о перегруженом звуке на басовых струнах).
В более общем свете, строй легко можно определить по нотам (которые конечно надо сначала снять), т.е. если снятые партии категорически неудобно играть в стандартном строе (или слышно, что играется нота на открытой струне, когда ее там не может быть), то имеет смысл поискать строй.
А строй найти достаточно просто, я вот не могу вспомнить каких-то изощренных строев: выбор по-сути между моделями Open X(характерно для игры слайдером), да различных Drop`ов, и стандартного EADGBE поднятого (редко)/опущенного на несколько полутонов.
Transcribe! конечно в выборе строя не поможет, но например определить самую низкую ноту (хотя и на слух это сделать несложно) вполне можно.