Не знаю как во фрутилупсе, но в кубейзе достаточно на вход миди канала повесить твою миди клаву, а на выход назначить тот вст инструмент или же миди выход, через который хоцца играть.
Еще можна чюток поменять миди карту, шоб в некоторых случаях (особенно с ударкой) все располагалось так, как привычнее тебе или для перебрасывания сгенеренного миди одной программой в другую, если раскладка миди у них не совпадает.
Поставь Кубейз, может поможет.