Разная реализация, разные алгоритмы ресэмплинга (пересчёта частоты, где используется, а не битности, урезание битности это транкейт например), разная громкость, надо, как минимум вырулить одинаковую громкость. SIR2 и KeFIR при импульсах небольшой длины фактически идентичны, во всяком случае оба минимально отклоняются от теоретической свёртки.
Реализация может быть разной вследствии разных алгоритмов, разных библиотек для преобразований Фурье.
Как раз таки алгоритм не един и однозначен, однозначный алгоритм вычислительно неэффективен, поэтому пользуются быстрой свёрткой, тут уж зависит от реализации, можно банально напортачить.
Voxengo Pristine Space тоже минимально отклоняется от теории, результат как у SIR2, разница математически такая, что услышать вряд ли реально. Правда вот есть нюансы если для материала в 44к используется импульс 96к, Pristine Space справляется получше.