По поводу больших объемов ir, беспорядка и упорядочивания. Думаю, что самый оптимальный вариант сделать в каком-нибудь майнд-менеджере, наглядную, древовидную, интерактивную карту с возможностью конвертации в HTML, и можно даже пакеты прикрепить, судя по тому что я видел в обзорах на некоторые менеджеры.