Если какие-то частоты вылезают, то это не проблема длины импульса, а проблема при его получении.
В MatcherCL я выставил дефолтную длину 150 мс, но сейчас думаю над несколько другими методами борьбы с реверберацией, чем простое урезание по длине, хочется и чтобы частотка не сильно страдала (так где это имеет смысл).
Так вчера провёл эксперимент по урезанию не длины, а отдельно отфильтровал верх и низ, отдельно урезал длину импульса с верхом и потом собрал импульс назад, довольно интересный результат получился. Правда я планирую поизучать что можно сделать на уровне кепструма (это не опечатка, cepstrum есть такое понятие).