Через Pool, выделяешь ненужные файлы, удаляешь, потом для корзины (Trash) выполняешь Empty Trash и выбираешь удаление файлов, файлы удаляются из проекта и с диска.
Если дубли пишутся в один файл, то выбрать удачные, их сбаунсить и удалить исходный файл описанным выше способом.