Отключать EIST, С-стейты, TurboBoost, это в случае интела, у AMD тоже подобное есть, Cool`n`Quiet.
EIST и TurboBoost, пожалуй, главные виновники. Что касается температуры, то имеет смысл просто посмотреть как она меняется и не совпадают ли дропауты с понижением частоты проца по этой причине.