48 кГц - это частота, на которой Акс работает, например. Я его подключаю через S/PDIF к компьютеру. Поэтому у меня все в 48 кГц.
Это другое дело уже совсем, тут, естественно, придётся отталкиваться от девайса. С Line6 HD то же самое, как и с некоторыми другими продуктами. Ничего не поделаешь, гадить гитарный звук ресэмплингом на лету ещё менее интересно
В-принципе, сэмплеры могли бы и кешировать отресэмпленные сэмплы (причём в этом случае можно более качественно ресэмплить), а затем работать в частоте проекта, что снижало бы нагрузку (как делается на самом деле сказать сложно).
Просто, если нет жёсткой привязки к сэмплрейту оборудования, то большого смысла использовать 48к нет, качество почти такое же, тогда уж имеет смысл сразу использовать 96к (или 88к), заодно и задержка у многих устройств будет меньше.