Flamma,
Разница только в различных цифровых интерфейсах, микродоки одинаковые.
У одной цифровой интерфейс E-Mu 1010e (PCI-E) у второй E-Mu 1010 (PCI).
С новыми материнками PCI-E может оказаться предпочтительнее, т.к. PCI всё равно через мост.
Есть мнение у сменивших цифровой интерфейс что PCI-E постабильнее, но статистики мало.