Jake Chambers, а буфер-то какой? Если 128, да в нагруженом проекте, да через юсб, да с древним чипсетом и слабым железом, да ещё и не интел, то не удивительно, что ничего не работает. Увеличь хотя бы до 512 и посмотри, что будет.
Что с загрузкой системы? Процессор в сотню упирается хотя бы на одном ядре?
Уверен ли ты, что отклучаешь плагины так, что они перестают работать? При мьюте дорожки ничего не выключается, просто звук не идёт.