Касательно настроек, то, во-первых, нельзя чтобы был клиппинг на входе, желательно ещё чтобы был запас в пару-тройку Дб.
Остальное зависит уже от качества интерфейса.
Естественно если импеданс интерфейса (входной импеданс цепочки записи диайника) и импеданс реальной цепочки усиления не совпадают, то будет разница.
Например стандартная ситуация - диайник пишем во вход 1 МОм, а напрямую гитару включаем через скример, а у него 470 кОм, например.
Т.е. в данном случае у нас цепочка записи диайника и реампинга выступит в качестве некоторого буфера с импедансом 1 МОм, атака будет более чёткой, даже можно считать что такое влияние полезно.
Плюс желательно понять с каким уровнем сигнал пришёл, чтобы потом этот же уровень воспроизвести при реампинге.
То же самое справедливо и для различных ампсимов - для них тоже желательно воспроизвести правильный виртуальный уровень.