У KX Project 48 кГц не просто так, сам чип лучше работает на этой частоте (48к родные), так что если сконвертировать качественно в 44.1 в конце, то это будет наиболее качественно, увы, тут надо учитывать ограничения этой карты.
Сам пользовался KX Project с SB Live 5.1, при переходе на Juli@ сразу куча проблем отпала.
С другой стороны лучше бы взять что-то с инструментальным входом сразу, не в линейный же вход гитару втыкать...