хммм....
А куда именно воткнута гитара? В линейный вход напрямую втыкать нельзя (т.е. конечно можно, но сигнал будет слишком тихий), в микрофонный тоже нежелательно, но там хотя бы сигнал будет достаточной громкости.
Еще такой эксперимент сделай:
В параметрах микшера задействуй отображение всех входов-выходов, т.е. что бы отображались линейный вход и микрофон на "общей громкости", сними на них галочки "Выкл.", если они стоят, и отрегулируй уровень. В таком случае ты хотя бы сигнал с гитары без эффекта должна услышать, если такого не произойдет - значит у тебя что-то со входами карты...