Щелчки бывают тогда, когда система не успевает в нужное время передать данные в карту, в результате воспроизводится пустота, что на фоне основного сигнала слышится как резкий перепад амплитуды - щелчок. Проблемы с нехваткой памяти маловероятны - оперативки довольно много, можно вполне точно проследить в диспетчере задач на сколько процентов она загружена. А вот загрузку процессора диспетчер показывает усредненно за выбранный период опроса. В кубейсе показатель загрузки проца гораздо более быстрый, можно что-то увидеть (кратковременные всплески загрузки). Буфер в любом случае всегда программный. Это всего лишь время, которое необходимо для обсчета текущего микса и передачи рассчитанной информации по всем программным и аппаратным путям. Системе гораздо легче передавать большие объемы данных через длинные промежутки времени, чем выдавать мелкие порции очень часто (сравни копирование фильма и тысячи мелких файликов на винчестере, объем данных одинаков, но операций записи в файловую таблицу во втором случае гораздо больше, головка туда-сюда бегает, со звуковушками похожая ситуация). Если звук нормально воспроизводится при небольшой загрузке плагинами, значит аппаратная оснастка и драйвер вполне успевают обрабатывать данные с выбранной частотой. При увеличении нагрузки на процессор (гитарными эффектами) слышны щелчки - значит процессору уже тяжеловато. Просто увеличь задержки до максимально доступных величин, посмотри что будет. Если щелчки пропадут - ищи минимально приемлемую в данных условиях величину буфера.
Так же виновником щелчков может быть управление частотой проца, это практически всегда мешает на ноутбуках и возможно на стационарных компах при соответствующих настройках. Проследить за частотой можно программой RMClock, сравни показания при полном бездействии и полной загрузке архиваторами например. С помощью этой же программы можно жестко закрепить частоту процессора на максимальном значении.