Через интерфейс PCI возможно реализовать минимальные задержки (до 1мс), эта шина напрямую общается с процессором без дополнительных контроллеров. А вот USB или FireWire работают через контроллер и от его исполнения будет зависеть минимальная задержка (обычно меньше 5мс на таких интерфейсах не получишь).
Итак PCI:
+ ничтожно малые задержки, бОльшая стабильность, независимость от архитектуры и дополнительных контроллеров;
- возможны наводки от других комплектующих, а так же неприятные шумы от импульсного блока питания (выбор блока питания компа нужно делать очень основательный), но кстати многие современные девайсы защищены от наводок и содержат внутренние стабилизаторы по напряжению для исключения помех по питанию.
USB или FireWire:
+ Мобильность, внешний экранированный корпус. Такие девайсы просто незаменимы при использовании совместно с ноутбуками.
- Стабильность сильно зависит от применяемого USB или FireWire-контроллера. Минимальные задержки диктуются архитектурой компа и опять же контроллером. Из личного опыта - на моем ноутбуке нереально выставить задержки менее 11мс (бывают и более тяжелые случаи), на стационарном компе та же самая карта легко пашет на 5мс.