Коды должны быть разные, просто разные названия файлов не работают. Как раз и правильно, что стали корректно это отслеживать. Когда возился с богреном, то как раз поэкспериментировал с разными именами. Идентификатор я, естественно, менять не мог. В результате 5ый рипер показывал два варианта, но корректно работал только один из них.
JUCE при создании нового плагина автоматически генерирует новый идентификатор, если же делать новый плагин редактированием другого, то надо самому поменять.