Если в настроена мультивыходная конфигурация у сэмплера и всё выводится на свои каналы, то можно просто при экспорте отметить нужные каналы инструмента, сначала включив галку Channel Batch Export, тогда можно выбрать нужные каналы инструмента (и вообще доступные каналы) для экспорта.