у меня когда то было нечто похожее, но только при захвате аудио из микшера системы.
при чем это было рандомно, т.е. в каких то случаях было, а следом при повторном захвате могло не быть.
и не только такое потрескивание, но и эффект "скачка" виниловой пластинки, как бы прерывание записи на условную микросекунду.
я не разобрался в причинах,
sugamort
в моем случае манипуляции в т.ч. и с этим не помогли.
но это было на старом железе компа, после апгрейда такого не наблюдал.
впрочем меня это сильно не напрягало, поскольку как я говорил это было рандомно и редко
А интерфейс и дрова те же остались?
Мне тоже настройки дров (частота, буфер) не помогают. Но такие дела:
1) В программе, где я наруливаю ритм-секцию, в настройках есть параметры "Fade out time" и "Time before fade out" (по умолчанию - по 100 мс). Если их задрать, то щелчки пропадают, но ноты начинают друг на друга наползать. Если их поставить в ноль, то каждая нота начинает щёлкать, как пластинка, купленная у бичей.
Кажется, что при уходе в тишину, щёлкает какой-то ключ. USB, питание? Есть в настройках чипа Intel параметры энергосбережения, но я не волоку (там какие-то "Level 3" и так далее...)
2) В Каустике 3, на одних и тех же настройках (презет синта) игра с клавиатуры (да, хоть мышкой) не даёт призвуков. А программирование по миди файлу даёт щелчки на одних и тех же нотах. Что при проигрывании, что при экспорте в файл (и не важно как).
Дурдоминг...

з.ы. Миди получаю из Гитар Про. Скорее всего, не в нём дело. Ибо просто миди-файл проигрывается Виндой (плеерами) и Аудасити один-в-один с Гитар Про (как надо, короче), а хосты, секвенсоры, синты, ВСТ и прочие "флюгера на палочке" трахают мозги кто во что горазд.

Наш товарищ, обещавший мне шикарный саксофон, не даст соврать.