Злой, если ты miscrosoft gs wavesynth используешь для миди, то он с аудио не будет совпадать в любом хосте. у него около 60мс задержка.
по первому - у тебя темп плавает вперед-назад? если проблема в сэмплрэйтах, то одни файлы будут постоянно спешить/отставать, со временем убегая все дальше.
вообще трудно сказать, не слыша