Открой в меню Media - Open Pool Window (Ctrl+P)
там перечислены все аудио-файлы, используемые или выброшенные из проекта
нажми прав. кн. и выбери Remove Unused media
все ненужные файлы будут переброшены внизу в Trash (корзина)
нажми на нее прав. кн. мыши, выбери Erase - это удалит с винта файлы, бывшие в корзине
про восстановление участков дорожек не совсем понял, но похоже тебе нужен инструмент Glue (4я по счету кнопка из основных инструментов, следующая после ножниц), либо выдели обрезанные куски и растягивай квадратики у них по краям