у меня такого как бы не возникало...
естественно я не стану говорить что оно в принципе невозможно, просто оно может быть вызвано чем-то другим кроме таймеров фпс которые вроде как жестко к 48мгц привязаны.... там еще могут быть какие-то подводные камни, видео вещь иногда очень непредсказуемая, с сотней неизвестных.
например вот сейчас рендерю в премьере то же что и вчера, но вчера все было ок, а сегодня в самом начале сразу же после первого клипа, на 1 кадр возникает непонятный косяк в маске, черное пятно, а вчера не было. эти клипы в начале таймлайна никто пальцем не трогал даже. уже ща крыша поедет с этой жопы, какого черта... так это только на рендере, если на таймлайне физически смотреть в премьере, по кадру отсматривать, никакого косяка нет