Очень смутила фраза "или выше". Ты где такую карточку нашел, не которой запись в формате 24/96 не предел???
Используй только максимально доступную для АЦП частоту дискретизации. В случае автора - скорее всего данная частота не поддерживается, и происходит передискретизация, что может вызвать искажения на высоких частотах. Хотя обрезаться ничего не должно по сути-то.
И вообще я не рекомендую в 96 писаться. У вас дома не суперпроффессиональная студия, да и нет достойного оборудования типа микрофонов за 700$. Не парьтесь (и не паьте проц), пишитесь в 24/44 или 24/48. За сегодня 2й раз пишу - обратите больше внимания на качество сведения, а не гоняйтесь за часотами дискретизации.
Вобщем, какая там у тебя карточка-то? Какой драйвер используешь? Какой прогой пишешь?