Не самую удобную прогу выбрал для этого, мягко говоря.
Взять 2 моно трека, сделать из каждого стерео, в одном выбрать Left Channel (станет стерео-треком с гитарой в левом канале и пустотой в правом), в другом случае - выбрать правый. Скопировать один из получившихся стерео-терков и вставить в другой кнопкой Mix (Ctrl+M).