Убедись, что в настройках звука, в каком-нибудь отдельном аплете, в "панеле управления", у тебя отключены все эффекты на вход.
Иногда такое бывает, что там стоит, софтовая обработка...
Сам однажды, очень удивился, при первом чате в скайпе с ноута, меня услышали с хорусом

А про внешний звук, это всё безусловно правильно. Мой совет, это на всякий случай.