вопрос не в процессоре
телефон меряет микрофоном - это самый помехонезащищённый механизм, любой посторонний звук его сбивает.
"прищепка" звук не слышит, она меряет вибрацию от корпуса гитары - это уже получше, чем звук по воздуху, но всё же часто "ловит" посторонние вибирации от корпуса. Могут быть проблемы с пониженными строями и низкими нотами
а тюнер по кабелю в компе или в педали - он снимает чисто сигнал с датчика, максимально чистый, он врёт только если сам датчик "микрофонит" (например если сидеть напротив кабинета в который играешь)
иногда просто живёт в гитаре какой то баг (например колок дребезжит или пружина в тремоло резонирует) и это сбивает с толку тюнер
... и добавил:(а вообще гитару настраивают по слуху)
настроить гитару сравнивая две струны звучащие одновременно не так сложно
а вот мензуру на слух очень трудно (мне) потому что надо "по памяти" сначала одну ноту послушал потом другую