Ты смешал два понятия - простая настройка и настройка мензуры. Настроить гитару (просто, "как по тюнеру") можно и флажолетами. Флажолет на 6-й струне на 5-м ладу должен быть идентичен флажолету на 7-м ладу пятой струны. И так далее, только флажолет на 4-м ладу 3-й струны должен совпасть с флажолетом на 5-м ладу 2-й струны (эти две струны строятся не в кварту, как остальные, а в большую терцию). Мензуру-же надо отстраивать для того, чтобы гитара строила по всему грифу. Т.е. чтобы 6-я струна, 12-й лад была Е (допустим стандартный строй), а не, например, Е+0,1. Мензура - расстояние от верхнего порожка (если гитара с флойдом - то это зажим, если без - то просто порожек) до нижено порожка, т.е. того места, где струны перегибаются и уходят в деку/в держатель. Мензуру надо отстраиввать либо по флажолетам, либо по прижатым струнам (какой из вариантов правильный сам толком не знаю). Короче нота на 12 ладу должна быть полностью идентична флажолету на том-же, 12-м, ладу.