Нет, тут все-таки что-то связанное с физиологией и моторикой есть.
Пример из другой области: хоккейная клюшка. Я правша, но клюшка у меня "смотрит" направо, в то время как большинству правшей удобно наоборот - налево. (Из-за этого я, кстати, в своем "советском" детстве с трудом мог купить клюшку с нужным крюком.) По логике, я основное движение делаю правой, "сильной" рукой, а левой придерживаю клюшку, а большинство хоккеистов поступают "неправильно".
Также в детстве винтовку в тире я держал у левого плеча, потому что левая рука была слабая и я не мог ею поддерживать цевье. Но, на самом деле, винтовку держат у правого плеча и поддерживают "слабой" рукой. Хотя, возможно, тут пример некорректен, и все зависит от "выбора" глаза.
Дети, кстати, чаще всего держат игрушечную гитару неправильно (и правши, и переученные левши). Но уже начиная с переходного возраста, по-моему, "инстинкт" меняется.
В общем, я думаю, что если поставить чистый эксперимент, окажется, что так держать гитару просто "удобно". Но, конечно, здесь есть какое-то физиологическое объяснение.