Пробовали, тюнер меняли, струны меняли, мензуру выставляли.
на другом тюнере так же, настраиваете ми, а по слуху не строит?
настройте 6ую открытую ми, а 5ую по второму ладу настройте си, возьмите интервал, оно обязано строить.
... и добавил:На что я бы смотрел в этой ситуации
-калибр струн, 6ая слишком толстая тонкая хз, висит тянется,бракованная, другие струны, вы говорите меняли.
- колки не держат, но в этом случае строй плывёт, а не как у вас, тем не менее
- кривые лады, от порожка до первого лада неверное расстояние, но у вас было норм до этого, значит вряд ли да и гитара не дешёвая, проверить по тому же тюнеру первый лад - открытый лад
- кривой тюнер, неверные показания, проверить другим тюнером
- кривой звук процессора ,хз возможно ли такое, но мало ли, я бы проверял в комп на софте
- криво отстроенная мензура, проверить не только по открытой и 12, а на разных ладах
- проверить в целом поставив каподастр на первый лад, на второй.
хз что ещё можно придумать

Мне кажется вы там намудрили с мензурой на 6ой струне, и у вас начались косяки.Обычно 6ую струну отодвигают дальше а не ближе(удлиняют струну).