как я понимаю причина в том, что при зажатии нот на 5 и 4 струнах (второй лад) там повышается высота относительно открытых из-за дополнительного натяжения струны.
вариантов много может быть:
1) вина в верхнем порожке - струны в нем значительно выше первого/второго лада и при зажатии получается "бенд" вниз.
2) слишком сильно прижимаешь 4 и 5 струны, топишь их между ладами. опять получается "бенд".
3) излишняя высота струн вообще
можешь попробовать настраивать гитару не по открытым струнам, а по зажатым на 2-4 ладах. мне вроде помогало, когда хреновые струны стояли. вот, заодно попробуй струны другие поставить - может поможет.