Вообще-то, если настраивать по гармоникам, то если плясать от первой струны.
6 фл.на 5 ладу в унисон с открытой 1ой
2ая фл на 5 в унисон с фл на7 1ой
Дальше строится от 6ой! по унисонным флажолетам на 5, 7 ладах.
Дело в том, что при настройке по гармоникам получается неравномерно-темперированный строй.
Т.е. теоретически так настраивать нельзя! Но и скрипачи то строят чистыми квинтами!
Разбивка грифа гитары идет от соотношения полутонов корень 12 степени из двух, в старину гитарные мастера пользовались дробью 18/17, что дает очень близкое число, тем паче учитывая давление пальца на струну.
Вот такая проблема, короче попробуйте настроить по гармоникам, а затем проверить по хорошему тюнеру, не дешевле чем за 100$.
Будете удивлены результатом.