По-моему, аппликатуры никуда перестраивать не надо. Каподастр выполняет роль порожка, и чтобы не ломать голову лишний раз для удобства предлагается мыслить, как будто мы в обычном строе играем без каподастра, согласно этому и нотная запись сделана, как будто каподастра нет. То есть, тот до-мажор аппликатурно будет выглядеть точно так же, как и в нотах, только роль порожка выполнет капо, хотя фактически это будет не до-мажор.