На стробоскопическом тюнере хорошо видно как на атаке строй высит. Если натяжение струн ОК, то настройке все вполне поддается. Еще бывает гитара на низких нотах имеет резонанс грифа и сама уводит строй (это физика). Тогда гитару к пионерам.
Может это проблема в клавишах -- у них темперация может расходиться с гитарой. Вообще одни синтюки на слух слишком идеальны, до тошноты, а другие -- до тошноты фальшивы. Если есть возможность подстройки каждой ноты и соответствуюше развитый слух, то можно выправить эту лажу. Еще лажа в противно звучащих гармониках, неестественность которых вылезает при изменении высоты тона. Кажись дело в этом, поскольку нормально отстроенное живое пианино слух так не режет.
P. S. А как насчет умышленного изменения настройки гитары на несколько центов при записи дабл-трэка?