Попробуй начать настраивать с 6-й струны, по мере движения к первым, уже настроенные струны будут расстраиваться в меньшей степени.
P.S. Да, и когда будешь настраивать чуть перетягивай струны, чтобы у тебя строй немного вверх уходил, тогда при натяжении последующих струн он будет приходить в норму.
Как-то так.