Знание аппликатур (в том числе пентатоники) со знанием нот на грифе никак не связано. Так что можешь учить их независимо друг от друга.
Что до импровизации, то мне кажется гораздо важнее знать аппликатуры, я лично уже десятый год импровизирую без знания нот на грифе (кроме некоторых опорных точек) и никакого дискомфорта не испытываю
.