Вообще, в нотах принято указывать либо позицию, либо струну, от которой плясать. В классике такое частенько встречается, когда много нот берётся в высоких позициях, т.е. какой-то ход и в кружочке приписана струна. А в целом, нужно анализировать, искать наиболее рациональный вариант, о чём уже написали выше.
Например, можешь скачать ноты (именно ноты, а не табы или ГТП) Арабского капричо, там очень часто встречаются указания, на какой струне играть.