Но ведь аккорде присутсвует и малая и большая терция 
Естественно интервалы воспринимаются от основного тона.
И вроде бы всё ничего, но задумался, а не во вред ли такой метод определения? Может, пока такой способ не вбит в голову, стоит сидеть и всё таки слышать терции в отрыве от аккорда? Или это вполне нормальная практика?
"Вам ехать или шашечки?"
Неважно, с чем вы ассоциируете, главное, что определяете. Часто про терции говорят, что они "ладово окрашены" - имея ввиду, что слышится ладовое наклонение - мажор/минор. Скорее всего это как раз то самое, что вы слышите.
Кстати, квинта тоже часто осваивается через ассоциацию с аккордом - это "пустой аккорд", из которого вынули середину (можно мысленно дополнить до полного).