Flaming, а может прога плоховзломанная? Отсюда изначально высота нот выставлена в ней неправильная!
Есть еще вариант, что звуковой чип бракованный и в нём струны не правильно прописаны, или версия китайская для внутреннего рынка, они там по другому музицируют . Еще слышал шнуры плохие бывают, или дерево в гитаре... А может даже звучки. Или свч печь рядом...
PS В данной вопросе есть только три варианта, 1. проблема в настройке софта A, 2. Проблема в настройке софта Б, 3. Проблема у автора со слухом. Третий вариант думаю не рассматривается, поэтому не понимаю, как топик мог разрастись уже до двух страниц.