Не знаю, как вам, а я просто читаю книжку Гована Creative Guitar - раздел по теории. Я её часто и всем советую, но есть основание - я пробовал несколько книг, и мне показалось, что у Гована все логично и систематизировано в меру и не скучно. Я просто читаю и играю, что он предлагает в качестве упражнений.
Сейчас у меня сложилась довольно четка структура того, как мне удобно осваивать новый материал - надо сначала разобрать, как строятся аккорды во всех позициях по всему грифу, потом как играются в этих позициях соответствующие гаммы, потом по всем позициям надо играть разные упражнения, чтобы в пальцах как следует укрепить что где и как, и потом надо попробовать все это поиграть под минус, причем желательно записанный самостоятельно. Под минус можно играть сначала простые ходы из упражнений, потом усложнять. На мой взгляд, если так заниматься, разовьется владение ладом/гаммой и приемами. Это все я придумал исходя из книги Гована и видео-школы МакЛафлина. Ну сейчас я в целом потихоньку так занимаюсь и прогресс есть, а раньше не было. Раньше я просто тупо играл всякие гаммы и несколько секвенций в них и все, заучил наизусть, а толку ноль.
Как это распределять во времени - не знаю, я занимаюсь "на интерес", как идет, так идет.
PS: "Аппликатурное мышление" мне в занятиях не сильно помогает, я только иногда туда заглядываю, чтобы уложить материал в голове, но мне кажется, что там все слишком сжато, а примеры слишком "узко заточены".