У аккумуляторов меньшее отдаваемое напряжение. Если у батарейки это 9 (у новой как правило - 9,5) вольт, то у аккумуляторов - 8 с копейками. Это влияет на работу примочки/преампа, т.к. плывут рабочие режимы устройства и появляются всяческие пердежи, шумы и хрипы (например, примочки начинают фуззить и перегруз становится рыхлым).
Пользовался аккумулятором одно время, но потом плюнул: жужжалки потребляют совсем мало, датчики в гитаре - тоже, смысла нет аккумуляторы использовать при таком потреблении.