скайп, как и большинство любого другого софта, не может ловить сигнал с двух устройств. вебка и звуковая карта - это 2 индивидуальных устройства с индивидуальными драйверами, так что либо одно, либо другое.
варианты решения проблемы:
1) взять карту с продвинутым программным микшером, который способен перенаправлять потоки между каналами внутри драйвера. микрофон, разумеется, тоже придется купить и втыкать в эту карту. дорого, короче.
2) попробовать какие-нибудь виртуальные микшеры (тут поможет гугл, я в тему не вникал), которые будут видеться третьим звуковым устройством, брать потоки с первых двух и отправлять в скайп.
первой ссылкой по запросу "virtual mixer" гугл мне выдал
https://www.vb-audio.com/Voicemeeterвроде, бесплатно, я бы попробовал.