Судя по схеме - это BSIAB, а он не любит, когда входные цепи слишком близко к выходным, требует экранирования входного провода и, иногда, горячего провода гейна. Не знаю как он с миллениум-байпассом себя ведет, но при соблюдении этих нехитрых условий никакого писка быть не должно.
Вообще, как вариант, можно активный байпасс запилить (обычный повторитель на паре кп303), тогда проблемы вообще не будет.
П.С.: А еще БСИАБ не любит криво разведенных плат, в этом тоже может быть проблема, но она решается только переразводкой платы. По опыту скажу, что лучше всего плату в данной конкретной схеме разводить топологически как можно ближе к тому, что на этой схеме нарисовано, то есть буквально воспроизвести схему на печатной плате. Еще хорошо помогает заземление корпусного контакта кп303, если на них собрана педалька.