Посмотрел еще раз. Там действительно мудрёно немного. Намотка под печатный монтаж видимо оптимизировалась, вывода трансформатора в такой нумерации удобно дорожками на плате соединять. А намотка да, получается как бы с перехлёстом, и по схеме кажется, что фазировка попутана, а на самом деле просто вывода вторых половинок местами поменяны.