Щелчки - это, как правило, следствие того, что процессор не справляется с обработкой сигнала в реальном времени. Не знаю, какие минимальные аппаратные требования выставляет JamUp, но в целом должно помочь либо увеличение буфера, либо (не уверен, но может) использовать сжатые форматы (M4A, MP3 etc). Ну и написать на сапорт - они обычно довольно отзывчивые - я им трижды писал по разным вопросам, и они их вычищали в течение нескольких недель новым апдейтом.
Да, и если нужен хороший рекордер, совместимый с Audiobus - думаю, вряд ли в AppStore есть что-то лучше чем
TwistedWave. Есть бесплатная версия, в которой практически все, как в платной, только нет каких-то эффектов и ограничения в части экспорта файла (насколько помню, бесплатно можно только через отправку на email). Так же есть и изменение темпа, но не уверен, что в бесплатном варианте он работает. В крайнем случае, есть условно бесплатный
Riff Maestro, от тех же разработчиков, что делают Amplitube. В нем после регистрации можно разлочить изменение скорости (я сам не пользользуюсь, но когда-то пробовал ради интереса).
Так что можешь попробовать их в качестве альтернативы, ну и обязательно напиши на сапорт разработчикам JamUp.