мне кажется, все очень просто. длину струны настраивают по звучанию на 12 ладу. когда ты прижимаешь струну на 12 ладу, изменяется, во-первых, длина струны (чисто математически), во-вторых - натяжение струны (прижать струну на 12 ладу - все-равно, что подкрутить чуть колок). вот исходя из этого мы и настраиваем длину конкретной струны. и понятно, что разные струны на это реагируют по-разному (у них разная реакция на изменение натяжения).
и опять же, понятно, к понятию мензуры это имеет достаточно касательное отношение.