Насчет "отделения с лучшими специалистами" в отношении кастомшопного эпифона вопрос пока просто неясный, - нет конкретных фактов.
Гитары с маркировкой "Epiphone Custom Shop" это обычно гитары, у которых спеки отличаются от привычных эпифоновских, или какая-то лимита, или какие-то разовые выпуски. Например, стрелы и искплореры из корины, или эпифоны с гибсоновскими датчиками, или 335 из пятислойной фанеры, и т.п.
EDIT: на фото выше как раз хороший пример: написано и "Custom Shop", и "Limited Edition".
"Фирма под полным контролем Гибсон" - это так, но не вполне так. Действительно, есть epiphone юридически как фирма, и она под контролем гибсон, а есть epiphone как гитара, которую можно взять в руки, и вот тут уже иначе. Эпифоны производили и производят десятки сторонних фирм, и подавляющее большинство из них просто продают гибсону (как фирме) свою продукцию, уже с логотипом "эпифон" на ней. Гибсон (как фирма) покупает их дешево, продает их от своего имени дорого, и дает свою гарантию, по которой все равно отвечать будет фактический производитель. Там контроль выстроен обычно совершенно другим образом: гибсон дает потенциальным исполнителям ТЗ примерно в духе "гитара с вот такими размерами и вот такими спеками с закупочной стоимостью не более 97 долларов 56 центов при партии в 10 тысяч гитар", и кто возьмется это выполнить, тот и молодец. Он получит многомиллионный заказ и гарантированную загрузку производственных мощностей на месяцы вперед. Брак эпифонов тоже допустим в известной доле, пока прибыль от продаж перекрывает процент геморроя у гибсона (процент геморроя у производителя это его личные проблемы).
У гибсона (как фирмы) есть и свои собственные заводы в Азии, которые производят эпифон, но этих заводов, вроде, всего два. Не готов утверждать, сколько именно, потому что это неважно в реальной жизни.