kostya.gorod, На самом деле если все струны строят, кроме третьей, и на третьей действительно установлена мензура так, что 0 и 12 лад строят, то кроме верхнего порожка ничего быть и не может. Если присмотреться к нему нужно убедиться, что струна лежит на самом его краю, а не горбе посередине например. Больше чудес-то никаких и не должно быть.
Есть еще вариант, что у тебя струны слишком высоко стоят и ты передавливаешь их при нажатии и отстройке мензуры.
И еще. Чаще неточности строя проявляются на высоких ладах, а не на низких. На низких ширина лада больше, длина звучащего отрезка струны больше, струны ниже -> требования к точности снижаются.